Karakterisasi Molekuler Isolat-Isolat Penyebab Bulai (Peronosclerospora spp) Pada Tanaman Jagung Berbasis Simple Sequence Repeat (SSR)

Hikmahwati Hikmahwati; Tutik Kuswinanti; Melina Melina

doi:10.35329/agrovital.v3i1.212

Karakterisasi Molekuler Isolat-Isolat Penyebab Bulai (Peronosclerospora spp) Pada Tanaman Jagung Berbasis Simple Sequence Repeat (SSR)

Hikmahwati Hikmahwati, Tutik Kuswinanti, Melina Melina

Abstract

Karakterisasi Molekuler Isolat-Isolat Penyebab Bulai (Peronosclerospora spp.) pada Tanaman Jagung Berbasis Simple Sequence Repeat (SSR).Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui (1) spesies Peronosclerospora spp yang diperoleh dari beberapa lokasi di Indonesia dan (2) keragaman genetik dan pengelompokkan antara isolat Peronosclerospora spp. yang diperoleh dari beberapa lokasi di Indonesi. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Balai Penelitian Sereal (Balitsereal) Kabupaten Maros, Sulawesi Selatan dan di Pusat Kegiatan Penelitan Universitas Hasanuddin. Isolat yang digunakan berasal dari Medan, Kediri dan Maros. Metode karakterisasi dilakukan secara molekuler dengan metode SSR. Hasil pengamatan dengan metode SSR efektif digunakan dalam studi keragaman genetik Peronosclerospora spp., Analisis kluster dengan UPGMA menghasilkan 3 kelompok, kelompok I terdiri dari 3 isolat asal Kediri, kelompok II terdiri dari 3 isolat asal Medan dan kelompok III terdiri dari 3 isolat asal Maros. Berdasarkan karakterisasi dan analisis kluster isolat dari 3 lokasi yang berbeda memiliki kemungkinan adalah spesies yang berbeda.

Keywords

Jagung; Peronosclerospora spp; Ciri morfologi; Karakterisasi molekuler; SSR

Full Text:

PDF

References

Alberts, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K., Walter, P., 2002. Molecular Biology of the Cell. Edisi ke-4. Garland Science: New York.

Bart-Delabesse E, J. Sarfati, J.P. Debeaupuis, W Leeuwen van, A, Belkum van, S. Bretagne, J.P. Latge, 2001. Comparison of Restriction Fragments Length Polymorphism, Microsatellite Length Polymorphism, and Random Amplification of Polymorphic DNA Analyses Fingerprinting Aspergillus fumigatus Isolates. J Clin Microbiology, 39:2683-2686.

Bock C, Jeger M, Mughogo L, Mtisi E, Cardwell KF, 1998. : Production of conidia by Peronosclerospora sorghi in Zimbabwe. Plant Pathology 1998, 47:243-251.

Bock, C.H., Jeger, J.J., Mughogho, L.K., Cardwell, K.F., Mtisi, E., Kaula, G., and Mukansabimana, D. 2000. Variability of Peronosclerospora sorghi isolates from different geographic locations and hosts in Africa. Mycological Research 104 61-68.

Brondani C, Brondani RPV, Garridon LR, Ferreira ME, 2000. Development of microsatellite markers for genetic analysis of Magnaporthe grisea. Genetica Moleculer Bioogyl, 23:753-762.

CIMMYT, 2010. Downy mildew (extended information) http://maizedoctor.cimmyt.org/index.php?id=233&option=com_content&task=view. Diakses Desember 2010.

Jeffreys AJ, Wilson V, Thein SL, 1985. Hypervariable 'Minisatellite' Regions in Human DNA. Nature, 314(6006):67-73.

Kajiwara T. 1974. Some Experiments on Downy Mildew of Maize. Proc. Symposium on Downy Mildew of Maize, Tokyo. Trop. Agric. Res., Series No. 8:121-123.

Kaye C, Milazzo J, Rozenfeld S, Lebrun MH, Tharreau D, 2003. The development of simple sequence repeat markers for Magnaporthe grisea and their integration into an established genetic linkage map. Fungal Genet Biol, 40(3):207-214

.Lees AK, Wattier R, Shaw DS, Sullivan L, Williams NA, Cooke DEL, 2006. Novel Microsatellite Markers for the Analysis of Phytophthora infestans Populations. Plant Pathology, 55:311-319.

Muladno, 2000.,Tekhnologi Rekayasa genetika. Pustaka Wira Usaha Muda dan ESESE, Bogor.

Pabendon,M.B., 2002. Identifikasi Genotip Jagung ke dalam Kelompok Heterotik Melalui Marka SSRs(Simple Sequence Repeats) Kaitannya dengan Penentuan Tetua Hibrida. TESIS, Universitas Padjadjaran Bandung

Perez MA, Gallego FJ, Martinez I, Hidalgo P, 2001. Detection, Distribution and Selection of Microsatellites (SSRs) in the Genome of the Yeast Saccharomyces cerevisiae as Molecular Markers. Lett Appl Microbiol, 33:461-466.

Perumal R, Isakeit T, Menz M, Katile S, No EG, Magill CW, 2006. Characterization and Genetic Distance Analysis of Isolates of Peronosclerospora sorghi Using AFLP Fingerprinting. Mycological Research, 110(4):471-478.

Perumal R., Padmavathi N., Saradha R.E,Eun-Gyu No, Umesh K. R., Louis K. P., Gary N. O.,Douglas G.L. and Clint W M., 2008. Simple Sequence Repeat Markers Useful for Sorghum Downy Mildew (Peronosclerospora sorghi) and Related Species. BMC Genetics. http://www.biomedcentral.com/1471-2156/9/77. diakses tgl 16 Desember 2010.Queller, 1993.

Rakoczy, M. T., and Hanna Bolibok, 2004. Characteristics and a Comparison of Three Classes of Microsatellite-based Markers and their Application In Plants. Cellular & molecular biology letters Volume 9, (2004): 221 – 238 http://www.cmbl.org.pl.

Santoso, T.J., W.U. Dwinita, , dan M.S. Endang 2008. Analisis Sidik Jari DNA Plasma Nutfah Kedelai Menggunakan Markah SSR. Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian. Bogor.

Semangun, H., 2006. Pengantar Ilmu Penyakit Tumbuhan. Gadjah Mada University Press.

Shaw, C.G, 1978. Peronosclerospora Species and other Downy Mildews of the Gramineae. Mycologia, 70:594-604.

Smith, J.S.C., E.C.L. Liu, H. Shu, O.S. Smith, S.J. Wall, M.L. Senior, S.E. Mitchell, S. Kresovich dan J.Ziegle, 1997. An Evaluation of the Utility of SSR Loci as Moleculer Marker in Maize (Zea mays L.): Comparison with Data from RFLPs and Pedigree. Theor. Appl. Genet. 95:163-173.

Steen, S.W., 1999. Handbook for DNA Isolation RAPD-PCR and PCR-RFLP. Botanical Garden and Museum. University of Oslo

Sudjono, M.S., dan Y. Sopandi. 1988. Pendugaan penurunan hasil jagung oleh penyakit bulai (P. maydis Rac. Shaw.). Seminar Balittan Bogor tahun. 7 hal.

Tautz D, Renz M, 1984. Simple sequences are ubiquitous repetitive components of eukaryotic genomes. Nucleic Acids Res 12(10):4127-4138.

Taylor JW, Jacobson DJ, Fisher MC, 1999. The Evolution of Asexual Fungi: Reproduction, Speciation and Classification. Annu RevPhytopathol, 37:197-246.van Der Goot; 1935, 1936;

Wakman, W. dan H.A. Djatmiko. 2002. Sepuluh Spesies Cendawan Penyebab Penyakit Bulai pada Tanaman Jagung. Makalah disajikan pada Seminar PFI di Purwokerto 7 September 2002. 10.

Wakman, W., S. Asikin, A. Bustan, dan M.Thamrin, 2006. Identifikasi spesies cendawan penyebab penyakit bulai pada tanaman jagung di Kabupaten Tanah Laut Propinsi Kalimantan Selatan. Seminar Mingguan, Balitsereal. Jumat, 30 Juni 2006.

Wakman, W., 2008. Pengendalian Penyakit Bulai pada jagung di bengkayang kalbar. Prosiding Seminar Ilmiah dan Pertemuan Tahunan PEI PFI XIX Komisariat Daerah Sulawesi Selatan, 5 Nopember 2008 on line http://www.peipfi-komdasulsel.org/wp-content/uploads/2011/06/8-WASMO-Pengendalian-Penyakit-Bulai-Pada-79-85.pdf. diakses 15 juli 2011

Wiliams, R.J., 1984. Downy Mildews of Tropical Cereals. Pages 1-103 in Advances in Plant Pathology. Volume 2 (Ingrams, D.S., and Wiliams, P.H., eds.). London, UK: Academic Press.

Yao C, Frederiksen RA, Magill CW, 1992. Length heterogeneity in ITS 2 and the methylation status of CCGG and GCGC sites in the rRNA genes of the genus.Perosclerospora. Current Genetics 22:415-420

Yasin, M.S., Soertiningsih, Tenriware.A., Adnan. A.M., Wakman.W., Tolanca.A.H. dan Syafruddin, 2008. Petunjuk Lapanga Hama, Penyakit dan Hara pada Jagung. Pusat Penelitian dan Pengembangan Tanaman Pangan. Badan Penelitian dan Pengembangan Pertanian.

Yuwono Tribowo, 2008. Bioteknologi Pertanian. Gadjah Mada University Press, Yogyakarta.