METODE EKSTRAKSI DNA PADA PLASMA NUTFAH JEWAWUT SULAWESI BARAT INDONESIA MENGGUNAKAN BUFFER CTAB  (Cethyl Trimethyl Ammonium Bromide)

Ramlah Ramlah; Harli A. Karim; Sari Rahayu Rahman; Amir M; Marcia Bunga Pabendon

doi:10.35329/agrovital.v7i2.3718

METODE EKSTRAKSI DNA PADA PLASMA NUTFAH JEWAWUT SULAWESI BARAT INDONESIA MENGGUNAKAN BUFFER CTAB (Cethyl Trimethyl Ammonium Bromide)

Ramlah Ramlah, Harli A. Karim, Sari Rahayu Rahman, Amir M, Marcia Bunga Pabendon

Abstract

Jewawut merupakan serealia pangan lokal non-beras yang telah lama didomestikasi di seluruh dunia termasuk di Sulawesi Barat, Indonesia sebagai pangan alternatif pengganti beras. Ekstraksi DNA merupakan tahap awal yang penting dalam analisis berbasis molekuler. Metode ekstraksi berpengaruh terhadap kualitas dan kuantitasnya DNA yang dihasilkan dalam program pemuliaan tanaman jewawut. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan metode ekstraksi DNA yang efisien pada plasma nutfah jewawut Sulawesi Barat menggunakan buffer ekstraksi CTAB. Hasil penelitian memperlihatkan bahwa DNA yang diekstraksi mempunyai kualitas, kuantitas yang baik, dapat diamplifikasi PCR menggunakan primer SSR p16 menghasilkan pita DNA yang jelas dan bersih. Terdeteksi sebanyak tiga alel 200bp-249bp. Ketepatan dan efisiensi metode ekstraksi perlu disesuaikan dengan bentuk sampel, jenis tamanan, asal sampel, kondisi sampel, dan karakter sampel. Karakteristik metode ekstraksi DNA penting untuk mendukung program pemuliaan tanaman jewawut di masa mendatang.

Keywords

Jewawut; Ekstraksi; DNA; CTAB; Sulawesi Barat

Full Text:

PDF

References

Alimuddin, M.R., (2014). Kuliner Tarreang dan Ussulannya. AJI (Aliansi Jurnalis Independen) Indonesia.

Aswidinnoor, H. A., Toruan-Mathius, N., & Purwantara, A. (2016). Kemiripan genetik klon karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) berdasarkan metode Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) Genetic similarity of rubber clones (Hevea brasiliensis Muell. Arg) based on Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) method. E-Journal Menara Perkebunan, 71(1).

Balitsereal. (2017). Jewawut, Alternatif Sumber Pangan Sehat. Sulawesi Selatan. Badan Litbang Pertanian Kementerian Pertanian-RI.

Bandyopadhyay, T., Jaiswal, V., & Prasad, M. (2017). Nutrition potential of foxtail millet in comparison to other millets and major cereals. In The Foxtail Millet Genome (pp. 123-135). Springer, Cham.

Campbell, N.A. (2007). Biology 8th Edition. Benjamin Cumming. San Fransisco. P : 305.

Choviatia, Mansi. (2010.) Genomic DNA QC Using Standard Gel Electrophoresis. US Dept. of Energy . P :1-11.

Dhaliwal, A. (2013). DNA extraction and purification. Mater. Methods. Doi: 10/13070/mm.en.3.191.

Fatchiyah, E. L., Arumingtyas, S., & Widyarti, S. Rahayu 2011 Biologi Molekuler Prinsip Dasar Analisis.

Hairuddin, R. (2015). Analisis DNA pada Tanaman Gandum (Triticumaestivum l.). Dinamika, 4(2).

Gabriyan, L dan Avanshia, N. (2013). Research Techniques Made Simple : Polymerase Chain Reaction (PCR). J.Invest Dematol. 133(3):e6. Doi 10.1038/ jid. 2013.1.

George, M. L., Regalado, E., Warburton, M., Vasal, S., & Hoisington, D. (2004). Genetic diversity of maize inbred lines in relation to downy mildew. Euphytica, 135(2), 145-155.

Khan, I. A., Awan, F. S., Ahmad, A., & Khan, A. A. (2004). A modified mini-prep method for economical and rapid extraction of genomic DNA in plants. Plant Molecular Biology Reporter, 22(1), 89-89.

Kim, E. J., Sa, K. J., Park, K. C., & Lee, J. K. (2012). Study of genetic diversity and relationships among accessions of foxtail millet [Setaria italica (L.) P. Beauv.] in Korea, China, and Pakistan using SSR markers. Genes & Genomics, 34(5), 529-538.

Kole C. (2017). The Foxtail Millet Genome. Springer, New Delhi.

Larekeng, S. H. (2019). Selection of dominant and co-dominant markers for Red Wood (Pterocarpus indicus Willd) polymorphism from five provenances in East Nusa Tenggara.

Miswarti., M.D. Tatuhey dan Yulie Oktavia. 2018. Eksplorasi Dan Karakterisasi Plasma Nutfah Jawawut (Setaria Italica L Beauv) Di Propinsi Bengkulu, Sumatera Selatan Dan Jawa Barat. Jurnal Pangan. Vol 2 (1).

Nurmala, T. (2003). Prospek Jawawut (Pennisetum spp.) Sebagai Tanaman Pangan Serealia Alternatif. Bionatura, 5(1).

Pabendon, M. B., Mejaya, M. J., Koswara, J., & Aswidinnoor, H. (2007). Analisis keragaman genetik inbrida jagung berdasarkan marka SSR dan korelasinya dengan data fenotipik F1 hasil silang uji. Penelitian Pertanian Tanaman Pangan, 26, 6977.

Ramlah, R., Aziz, I. R., Muthiadin, C., Masri, M., Mustami, M. K., & Pabendon, M. B. (2018). Genetic Diversity Of Local Maize Germplasm Of Tana Toraja South Sulawesi Using SSR (Simple Sequence Repeat) Markers. Ilmu Pertanian (Agricultural Science), 3(1), 1-10.

Ramlah, R., Pabendon, M. B., & Daryono, B. S. (2020). Local food diversification of foxtail millet (Setaria italica) cultivars in West Sulawesi, Indonesia: A case study of diversity and local culture. Biodiversitas Journal of Biological Diversity, 21(1).

Ruwaida, I. P., Yuniastuti, E., & Supriyadi, S. (2009). Analisis keragaman tanaman durian sukun (Durio zibethinus) berdasarkan penanda RAPD. Asian Journal of Tropical Biotechnology, 6(2), 89-98.

Tenriulo A, Suryati E and Parenrengi A Rosmiat. (2011) Ekstraksi DNA rumput laut kappaphycus alvarezii dengan Metod. fenol kloroform. Mar. Chim. Acta 2 6–10.

Tirajoh, S. (2016). Utilization of Foxtail Millet (Setaria italica) from Papua as an Alternative Feedstuff to Substitute Corn.

Wati, S. I. (2014). Analisis Keragaman Pola Pita DNA antar Varietas Ganyong (Canna Edulis Ker.) dari Daerah Karanganyar, Solo dan Boyolali Berdasarkan Penanda RAPD. EL-VIVO, 2(1).